Gereja Protestan Indonesia Donggala (GPID) mempunyai beberapa program-program pelayanan, yaitu :
- Program Pelayanan di Bidang Keesaan/Persekutuan (Koinonia)
- Program Pelayanan di Bidang Kesaksian/Pekabaran Injil (Marturia)
- Program Pelayanan di Bidang Pelayanan Kasih (Diakonia)
- Program Pelayanan di Bidang Pembinaan Warga Gereja (PWG)
