Gereja Protestan Indonesia Donggala (GPID) mempunyai beberapa program-program pelayanan, yaitu :

1. Program Pelayanan di Bidang Keesaan/Persekutuan (Koinonia)
2. Program Pelayanan di Bidang Kesaksian/Pekabaran Injil (Marturia)
3. Program Pelayanan di Bidang Pelayanan Kasih (Diakonia)
4. Program Pelayanan di Bidang Pembinaan Warga Gereja (PWG)